KU - SCIENCE - PLEN søger ansøgere til et Ph.d.-stipendium inden for plantestressfysiologi og enkeltcellebiologi. Projektet er finansieret af Novo Nordisk Fonden gennem Ascending Investigator-bevillingen “Accelerating crop resilience with AI-enabled gene function prediction and stress regulatory networks” (NNF26OC0113093).
Startdatoen forventes at være den 1. maj 2027 eller hurtigst muligt derefter.
Stressresponser måles typisk i hele organer, hvilket udjævner det faktum, at forskellige celletyper reagerer forskelligt og nogle gange i modsatte retninger. Dette projekt vil afdække varme- og tørkeresponser på enkeltcelle-opløsning i fire store nordiske afgrøder – de tokimbladede raps og kartoffel samt de enkimbladede hvede og byg – og undersøge, hvilke regulatoriske programmer der er bevaret på tværs af disse.
Stipendiaten vil selv designe og udføre stresseksemperimenterne: varme, tørke og kombinationen af disse, med prøveudtagning på tidlige (3 timer), mellem (6 timer) og sene (2 dage) stadier, i blade, rødder og blomstermeristemer. Enkeltcelle RNA-sekvensering og kromatin tilgængelighed (ATAC-sekvensering) biblioteker genereres på gruppens 10x Genomics-platform og sekvenseres af en ekstern udbyder. Stipendiaten vil derefter selv analysere dataene – virksomheden vil træne stipendiaten i datavidenskab, så ingen forudgående programmeringserfaring er påkrævet. Hvad virksomheden har brug for fra stipendiaten i starten er eksperimentalistens vurdering: hvordan man dyrker, stresser og udtager prøver af planter, så data kan besvare spørgsmålet.
Afhængigt af stipendiatens interesser kan arbejdet omfatte:
- Design og udførelse af stresseksemperimenterne: vækstbetingelser, stressintensiteter, tidspunkter, fysiologiske aflæsninger og replikation, så de resulterende data faktisk kan besvare spørgsmålet
- Fænotyping og fysiologisk karakterisering af de stressede planter, og kerne/celleisolering til enkeltcellesekvensering
- Kvalitetskontrol, integration og celletypeannotering af enkeltcelleatlasser på tværs af stress, organer og arter
- Udvide gruppens TEA-GCN-metode til enkeltcelledata for at inferere celletype- og stressspecifikke transkriptionsfaktor–målforhold
- Koble transkriptionsfaktorer til cis-regulatoriske elementer ved hjælp af ATAC-sekvensering, kendte motiver og sekvensbaseret dyb læring
- Rangordning af regulatoriske kanter efter bevaring på tværs af de fire afgrøder for at opnå netværk med høj konfidens, og sammenligne dem med gruppens artsoverskridende stressatlasser
Stipendiaten vil ikke være alene med dataene: bevillingen finansierer også en beregningsmæssig postdoc, som udvikler de multimodale integrationsmetoder sammen med stipendiaten, og arbejdet bygger på et samarbejde med professor Ryan Lister (University of Western Australia) om multimodale enkeltcellemetoder og på stressfysiologisk ekspertise hos PLEN Taastrup.
Hvem søger KU - SCIENCE - PLEN? Virksomheden leder efter en eksperimentalist: en kandidat inden for plantefysiologi, plantemolekylærbiologi, agronomi eller afgrødevidenskab, fortrinsvis med praktisk erfaring med at dyrke planter og udføre stress- eller fænotypeeksperimenter. Ansøgere kan have en baggrund inden for biologi, planteforskning, landbrugsvidenskab, bioteknologi eller en relateret disciplin. Erfaring med RNA-sekvensering, enkeltcellemetoder eller programmering er en fordel, men ikke et krav – virksomheden tilbyder struktureret træning i dataanalyse og vil sætte stipendiaten sammen med gruppens beregningsmæssige medlemmer. Hvad der kræves, er viljen til at blive flydende i at analysere egne data.
Hvad virksomheden værdsætter: Programmeringserfaring er ikke påkrævet ved ansættelsen – virksomheden underviser i det, og træningen i datavidenskab er en del af stillingen. Hvad virksomheden ikke kan lære hurtigt, og derfor vælger ud fra, er videnskabelig dømmekraft:
- At sætte spørgsmålstegn ved data snarere end at acceptere dem – at spørge, hvad der blev målt, hvordan og mod hvilken forventning
- At bemærke anomalier i et vækstkammer eller et datasæt og behandle dem som information snarere end støj
- At organisere flere undersøgelseslinjer parallelt og vide, hvornår man skal stoppe eller omdirigere en
- At forbinde en måling til et konkret biologisk spørgsmål
- At ændre mening, når beviserne ændrer sig
Virksomheden leder efter en planteeksperimentalist, der ønsker at eje analysen af egne data, ikke at overlade den til andre.
Om Mutwil-gruppen og dens forskning – og hvad tilbydes? Mutwil-gruppen ved PLEN arbejder i krydsfeltet mellem komparativ og evolutionær plantebiologi og AI-drevet biologisk opdagelse. Gruppen opbygger store artsoverskridende genekspressionsatlasser, komparative co-ekspressionsnetværk og viden-grafer, og gruppen bruger maskinlæring og store sprogmodeller til at omdanne plantelitteratur og omics-arkiver til testbare hypoteser. Gruppen omfatter flere Ph.d.-studerende, postdocs og kandidatstuderende og vedligeholder en portefølje af udbredte fællesskabsressourcer under domænet .plant.tools, herunder PlantConnectome, CoNekt, diurnal.plant.tools og evorepro.plant.tools.
Gruppen er en del af Institut for Plante- og Miljøvidenskab (PLEN), Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet. Gruppen er placeret på Frederiksberg Campus i København.
KU - SCIENCE - PLEN tilbyder kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø. Forskningsfaciliteterne inkluderer moderne molekylærbiologiske laboratorier, plantegrow-faciliteter samt dedikerede højtydende computer- og GPU-ressourcer.
Hovedvejleder er lektor Marek Mutwil, Institut for Plante- og Miljøvidenskab (PLEN), Københavns Universitet. E-mail: mutwil@plen.ku.dk.
Ph.d.-programmet er et treårigt fuldtidsstudie inden for rammerne af det ordinære Ph.d.-program (5+3-ordningen), hvis ansøgeren allerede har en uddannelse svarende til en relevant dansk kandidatgrad.
Nødvendige kvalifikationer
For at være berettiget skal ansøgeren have gennemført en uddannelse svarende til en dansk kandidatgrad (180 ECTS/3 FTE BSc + 120 ECTS/2 FTE MSc) inden for projektets fagområde, f.eks. planteforskning, biologi, landbrugsvidenskab, bioteknologi eller et relateret felt. For information om berettigelse af gennemførte uddannelser, se Generelle vurderinger for specifikke lande og Vurderingsdatabasen.
Ansættelsesvilkår
Ansættelse som Ph.d.-stipendiat er på fuld tid og for maksimalt 3 år. Ansættelse er betinget af, at ansøgeren bliver optaget som Ph.d.-studerende ved Ph.d.-skolen under Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet. Dette kræver indsendelse og accept af en ansøgning om det specifikke projekt formuleret af ansøgeren.
Ansættelses- og lønvilkår er i overensstemmelse med aftalen mellem Skatteministeriet og Akademikerne om akademikere i staten. Stillingen er omfattet af Protokol om Stillingsstruktur.
Man kan læse mere om lønniveauer i den statslige sektor på www.loenoverblik.dk.
Ansvarsområder og opgaver
- Gennemføre et selvstændigt forskningsprojekt under vejledning
- Gennemføre Ph.d.-kurser svarende til ca. 30 ECTS / ½ FTE
- Deltage i aktive forskningsmiljøer, herunder et ophold ved en anden forskningsinstitution, fortrinsvis i udlandet
- Undervisnings- og vidensformidlingsaktiviteter
- Skrive videnskabelige artikler rettet mod tidsskrifter med høj impact
- Skrive og forsvare en Ph.d.-afhandling baseret på projektet
Virksomheden leder efter følgende kvalifikationer
- Faglige kvalifikationer relevante for Ph.d.-projektet
- Relevante publikationer
- Praktisk erfaring med plantevækst, abiotiske stress-eksperimenter eller fysiologisk fænotyping er en stor fordel
- Relevant erhvervserfaring, f.eks. med molekylærbiologi, RNA-sekvensering eller enkeltcellemetoder
- Programmeringserfaring er ikke et krav – træning i datavidenskab tilbydes
- Andre relevante faglige aktiviteter
- En nysgerrig indstilling med stor interesse for, hvordan afgrøder håndterer varme og tørke
- God skriftlig og mundtlig engelsk
Ansøgnings- og vurderingsprocedure: Ansøgningen, inklusive alle bilag, skal være på engelsk og indsendes elektronisk ved at klikke på ANSØG NU nedenfor.
Ansøgningen skal indeholde:
- Motiveret ansøgning (maks. én side), der angiver motivationen for at søge dette specifikke Ph.d.-projekt
- Skriftlige svar på de fire spørgsmål nedenfor (maks. 250 ord hver). Det er tilladt at bruge AI-værktøjer til at hjælpe med at udarbejde svarene; angiv venligst, hvis dette er tilfældet. De skriftlige svar er et udgangspunkt for interviewet, hvor virksomheden vil udforske ansøgerens ræsonnement i en samtale.
- Curriculum vitae inklusive information om uddannelse, erfaring, sprogfærdigheder og andre færdigheder relevante for stillingen
- Originale diplomer for bachelor- og kandidatuddannelse samt karakterudskrifter på originalsproget, inklusive en autoriseret engelsk oversættelse, hvis udstedt på et andet sprog end engelsk eller dansk. Hvis uddannelsen ikke er afsluttet, accepteres en certificeret/underskrevet kopi af en nylig karakterudskrift eller en skriftlig erklæring fra institutionen eller vejlederen.
- Publikationsliste (hvis muligt)
- Referencelister (hvis tilgængelige)
Ansøgningsspørgsmål
- Forskningsinteresse. Hvilket biologisk spørgsmål vil ansøgeren gerne arbejde med i dette projekt, og hvilken dokumentation ville vedkommende have brug for for at besvare det?
- Læsning af data. Et gen har en ekspressionsværdi på 100 under kontrolbetingelser, 200 under varmestress, 200 under tørke og 400 under kombineret varme og tørke. Hvad konkluderer ansøgeren, og hvad ville vedkommende ønske at vide, før dette konkluderes?
- Arbejde parallelt. Ansøgeren har to uger, et sæt offentligt tilgængelige ekspressionsdata og en litteratur, vedkommende endnu ikke kender. Hvordan ville ansøgeren organisere de to uger, og hvad ville vedkommende levere ved udgangen af hver uge?
- Ændre mening. Beskriv et tilfælde, hvor ansøgeren troede noget om et projekt eller datasæt, og beviser fik vedkommende til at revidere det. Hvad var beviserne?
Ansøgningsfrist: Fristen for ansøgninger er 31. januar 2027, kl. 23:59 GMT +1.
Virksomheden forbeholder sig retten til ikke at behandle materiale modtaget efter fristen og ikke at behandle ansøgninger, der ikke lever op til de ovennævnte krav.
Den videre proces: Efter fristens udløb vil et antal ansøgere blive udvalgt til faglig vurdering af en uvildig ekspertbedømmer. Ansøgeren vil blive underrettet, om vedkommende sendes til vurdering. Bedømmeren vil vurdere de udvalgte ansøgeres kvalifikationer og erfaringer med hensyn til det ovennævnte forskningsområde, teknikker, færdigheder og andre krav. De vurderede ansøgere får mulighed for at kommentere deres vurdering. Man kan læse om rekrutteringsprocessen på http://employment.ku.dk/faculty/recruitment-process/.
Interviews med udvalgte kandidater forventes afholdt i marts 2027.
Spørgsmål: For specifik information om Ph.d.-stipendiet bedes man kontakte hovedvejleder, lektor Marek Mutwil (mutwil@plen.ku.dk).
Generel information om Ph.d.-studiet ved Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet er tilgængelig på Ph.d.-skolens hjemmeside: https://www.science.ku.dk/phd/.
Københavns Universitet ønsker at afspejle det omgivende samfund og inviterer alle, uanset personlig baggrund, til at søge.
